北航基础医学学科面向医学及健康领域的前沿基础科学问题，聚焦医工交叉融合促进疾病精准诊断、组织再生、心血管病/生理、医学细胞生物学新技术等方向，已形成显著特色。建成了一支多学科交叉、高水平、学缘及年龄结构合理的师资队伍，50%具有博士学位，46%有海外学习及进修经历，入选校级以上人才计划者30 余人。近5 年来，依托“大数据精准医疗北京市高精尖创新中心”，与首都医科大学6 个附属医院共建分中心，学科得到迅速发展。
已形成4 个特色鲜明的学科方向：①数字医学：开展基于多模态医学影像结合组学技术及人工智能的疾病精准诊断和筛查研究，构建了基于医学大数据的健康及疾病信息挖掘、分析、应用的技术体系。建立了无标记、高精度成像方法，发现高特异性诊断标志物；提出了基于无监督或弱监督深度学习的医学图像分析方法，实现了病理图像的高精度智能检索、分割和分析。②生理与病理学：重点围绕心血管发育和疾病病理，以血流动力学结合经典病/生理学理论和方法，探索了血管舒缩功能受损、动脉粥样硬化、血栓形成、动脉瘤形成和破裂等心血管疾病的病理生理机制。③组织工程与再生医学：针对神经、血管、骨组织修复及再生，在新型医用纳米材料和生物材料与宿主组织/细胞之间相互作用等方向开展研究工作，特别是在骨缺损修复、脊髓修复、小口径人造血管等方面取得了有影响力的研究成果。④医学分子细胞生物学：采用生物芯片、力学生物学、单细胞工程、生物信息学、大数据及人工智能等前沿技术手段，在多系统分子相互作用和网络调控层次上，围绕细胞微环境调控细胞行为开展分子细胞生物学的系列研究。
遵循基础医学教育的基本规律，适应新医科从“生物医学科学为主要支撑”向“多学科交叉为支撑”的医学教育模式变革，依托4 个部省级科研创新平台，构建了以前沿科学研究为牵引，以多学科技术交叉融合和常态化国际合作交流为特色的人才培养体系，培养厚基础、宽视野、善创新，具有领军、领导潜质的五育复合型人才；构建了小核心、大外围、多学科、多学缘的一流师资队伍，探索了与北医三院医学资源合作共享的双导师制等模式。立足北航优异的大学声誉和医工交叉良好的多学科氛围吸引了一批优秀的研究生生源，近年来培养学术学位硕士和专业学位硕士近百名。
学科已形成良好的国际国内影响力。专任教师30 余人次任职于包括中国生物化学与分子生物学学会、中国病理生理学会、中国神经科学学会离子通道分会、国际矫形外科学会、中国毒理学会等重要学术组织，多人担任包括BMC Cancer 等国内外期刊副主编或编委。
